教協被內地官方媒體點名批評之後，政府立即宣佈全面終止和教協的工作關係。之後，又有左派報章不點名批評：「個別披著宗教外衣的團體，打著宗教自由幌子，透過活動散播亂港訊息，煽動教友參與反中亂港活動，卻享受宗教團體免稅優惠，間接用政府資源支撐違法活動。」又重申：「政府不應以公帑支持反中亂港組織」。有關指控相當嚴重，甚至會造成教內彼此的猜疑、希望弟兄姊妹能竭力保守聖靈所賜合而為一的心，不要墮入互相指控、篤灰、甚或獵巫的批鬥文化陷阱。另一方面，教會及基督教機構必須提高警覺，未來在一些社會事務上若未能符合官方的要求，亦有可能面對來自官方或非官方組織批評，而取消免稅團體資格有可能成為其中一度重要板斧。 
 
教會雖然不是政治團體，但面對嚴峻的政治氣氛，在關心社會事務的時候，亦必須十分小心，不要隨便將一些本來並非絕對的政治及社會事務絕對化，因為《聖經》教導我們的往往只是原則，而政治許多時涉及的是判斷和選擇，教牧和信徒都不宜以一兩節金句，作為支持個人對政治問題的判斷，不要將政治凌駕信仰是十分重要的。 
 
教會和信徒許多時都像一個鐘擺，會由一個極端擺向另一個極端。就像對政治的關心，很長一段時間，不少香港的教牧和信徒由於受所謂政教分離的思想影響，對所有政治問題避之則吉，只著眼於教會內部的事務和直接傳福音的工作，對社會關懷十分冷淡。但在近年的社會運動，一些教牧和弟兄姊妹卻極度投入，甚至將一些政治取態凌駕了信仰的原則，一些沒有信仰的同路人縱使在一些行動上愈來愈激烈，但亦誓死不願割席；相反，若教會或弟兄姊妹不認同其政見，卻急不及待割席，甚至老死不相往還！部份信徒更深受政治立場的影響，整個人的起居飲食，以及平時的言行、對所有社會事務的看法，都離不開黃藍的政見，甚至以此決定是否能夠稱對方為弟兄姊妹、將政治立場看得比信仰及其他一切更重要。  
 
《聖經》提醒我們要行公義，並不等於要我們將政治凌駕一切，作為信仰群體，必須謹記教會最重要的使命是使萬民作主的門徒，並將主的吩咐教導他們遵守，而基督教最重要的核心價值是愛，我們要盡心盡意盡力愛神，以及愛人如己。連一些信仰立場與我們不同的人，與我們為敵、甚至曾經犯下重罪、道德淪亡的人，我們都相信他們可以被上帝改變，努力學習去愛他們，何況只是與我們政治立場不同的弟兄姊妹呢？ 
 
不過，教會雖然不是政治團體，並不代表教會不可以關心任何政治問題，而是要用信仰的眼光去看待一些社會政策和現況，有沒有違反公義，偏離上帝的心意，涉及的不僅是政治問題，更包括倫理、道德和金錢等問題。而我們在這些問題的價值觀，往往亦與沒有信仰的世俗政權有差異，而對於無神論的政權來說差異只會更大。因此，就算撇開政治問題會帶來的爭議，教會仍然需要有心理準備，將來宗教活動未必能夠享有和過去一樣的待遇，無論是辦學的自由、以及對教學內容的自主；而社會服務與福音工作未必能兩條腿一起走路，任何涉及公帑的活動，也許無法同時傳揚福音、過往那種只要能提供優質的服務，便不會被質疑為何涉及宗教活動的日子，未必再能被默許。 
 
至於宗教團體可以享有免稅優惠亦不是必然可以維持的，當然，一些愈關注社會和政治問題，經常就不同範疇作政策倡議，甚至批評政府的，被取消免稅團體資格的機會便愈大。也許是時候，教會和弟兄姊妹應全面反思，免稅優惠和奉獻之間的關係了。奉獻是信徒對上帝所賜予的恩典和命令，由心底發出的回應，不是出於勉強，乃是出於甘心。而在舊約和初期教會，更沒有奉獻可以免稅的觀念。 
 
奉獻可以獲得免稅優惠，是不少有基督教背景的國家，以及將宗教活動看為值得支持的慈善活動的公民社會，一直以來行之有效的做法，不過，隨著政治環境的變化，很多過往行之有效的事，在未來不一定就可以照版煮碗。若果順從或緊跟政府政策，才是獲得免稅優惠的先決條件的話，教會和機構必須小心思量，究竟是本身的異象和使命重要，還是免稅團體的資格更重要？為了維持免稅團體的資格，我們的底線究竟在哪裡？而作為教會和機構的同工，亦必須撫心自問，若果失去免稅資格而需要裁員減薪，我們有堅持順從神不順從人的心理準備嗎？作為信徒，我們願意繼續奉獻支持教會和自己認同的基督教機構的工作，而不將免稅作為最重要的考慮嗎？當然。不是今天要做這個決定，而是必須及早反思我們對奉獻應有的態度，以及願意為上帝付出多少？